Кафедра мікробіології була створена у 1925 році на одонтологічному факультеті Харківського медичного інституту професором Д.П. Гриньовим. У 1932 році у зв'язку з реорганізацією факультету у стоматологічний інститут кафедра отримала власну базу в інституті.

До 1934 року кафедрою керував проф. Д.П. Гриньов - один з засновників мікробіології порожнини рота у СРСР. Професор Д.П. Гриньов - автор монографій "Основи мікробіології ротової порожнини" (1932), "Медична мікробіологія" (1934-1937); ним створена школа мікробіологів (проф. С.Л. Утевська, проф. С.А. Блінкін, доц. Є.І. Добровольська, доц. О.В. Чуйко, доц. Н.Ф. Головіна та інші).

У 1934 році на чолі кафедри стає Р.Л. Утевська - висококваліфікований, ерудований спеціаліст, гарний організатор. Під керівництвом проф. С.Л. Утевської з 1934 по 1963 роки були виконані і захищені 14 кандидатських дисертацій і 1 докторська дисертація, присвячених вивченню карієсу зубів, пародонтозу, туберкульозу, стафілококовим і стрептококовим ураженням порожнини рота, питанням імунології, алергії та інше. З 1963 по 1965 роки кафедрою мікробіології керувала доцент Є.І. Добровольська, а з 1965 по 1970 роки - доцент Головіна Н.Ф., з 1970 по 1989 - доцент В.Р. Савін, з 1989 по 1994 роки - доцент В.О. Філіпов.

Після переводу інституту до Полтави (1967 р.) значно поліпшились умови роботи на кафедрі мікробіології. В цей період активно проводилась наукова робота, в основному присвячена стоматологічним проблемам, пов'язаним з карієсом зубів, пародонтозом, іншими захворюваннями порожнини рота. Розроблялись питання стафілококової, стрептококової, синьогнійної, протейної інфекцій, бактеріоциногенії лактобацил порожнини рота.

З 1970 по 1990 роки на кафедрі виконані і захищені 4 кандидатські дисертації, підготовлено до захисту 3 докторських дисертації.

З 1994 року кафедру очолила доктор медичних наук, професор Г.А. Лобань.